مخطوطات تخص النجف الأشرف
يضم متحف خزائن النجف في العراق، أطول نسخة من القرآن الكريم في العالم، ومخطوطات يعود تاريخها الى نحو 1000 سنة، كذلك يحتوي على 250 ألف وثيقة عن تاريخ النجف، اضافة الى وثائق بريطانية وتركية وايرانية تعرض للمرة الأولى.
مخطوطات مكتبة الروضة الحيدرية
- كتاب نهج البردة منسوب للإمام علي (ع).
- كتاب المسائل الشيرازية للشيخ أبي الحسن التموي.
- كتاب شرح الدريدية لأبن خلدون.
- شرح ديوان المتنبي لابن العتايقي.
- الجزء الثاني من التبيان.
- الأسرار الخفية للإمام الحلي.
- نهاية الأقدام في علم الكلام.
- الملتقط للزمخشري.
- تقريب المقرب في النحو لأبن عصفور.
- التقريب لأبن حيان.
- المباحثات لأبن سينا.
- الكتاب الأول من معجم الأدباء بخط المصنف.
مخطوطات مكتبة امير المؤمنين
- قطعة من القرآن الكريم بخط الإمام علي (ع).
- هداية الأمة للحر العاملي.
- نظم درر السمطين في فضائل المصطفى.
- حدائق الحقائق في فضائل المصطفى.
- شرح أصول الكافي للمولى خليل القزويني.
- شجرة تاريخ الإجازة للميرزا النوري.
- زبدة البيان في قصص القرآن لمحمد بن محمود الطبسي.
- المناقب لإبن الطيب الشافعي.
- روضة الفردوس لعلي الهمداني.
- رسالة أصول الأعيان لمحمد الدهلوي.
- صحاح اللغة للجواهري.
- تفسير الكشاف للزمخشري.
وغيرها الكثير تحتوي على أكثر من 6000 مخطوط ومعنى هذا إن خزانة المكتبة هي أكبر خزانة كتب في النجف اليوم.
مخطوطات مكتبة الحكيم
- (المبسوط) للشيخ الطوسي المتوفى سنة 460 هجرية وهو بخط عليّ بن الحسين الواراني ويرجع خطه إلى سنة 586 هجرية.
- (أجوبة المسائل) للشيخ ابن إدريس المتوفى سنة 598 هجرية وهو بخط جعفر بن أحمد بن الحسين الحائري وقد أملاه عليه ابن إدريس في سنة 588 هـ.
- (منتهى المطلب في تحقيق المذهب) للعلاّمة الحلي المتوفى سنة 726 هجرية وهو مخطوط بخط المؤلف، و (المختلف) وهو الآخر من مؤلفات العلاّمة الحلي ومخطوط بخطه في سنة 699 هـ وفي مجلدين، و (نهج الحق وكشف الصدق) للعلاّمة الحلي مخطوط في سنة 734، ومنتهى (السؤول) للعلاّمة الحلي مخطوط سنة 697 هـ.
- (نهج البلاغة) للشريف الرضي المتوفى سنة 406 هـ بخط الحسين بن أرد شير الطبري سنة 677 وعليه اجازة يحي بن الحسن بن سعيد الهذلي الحلي بنفس التأريخ.
- (شرح شواهد المفصل) للفاضل مظهر الدين محمّد مخطوط سنة 772 هـ.
- (مختصر خلاف الشيخ الطوسى) مخطوط سنة 699.
- (عصرة المنجود) في علم الكلام لعلي بن يونس البياضي العاملي مخطوط سنة 834 هـ.
وتحتوي مكتبة الحكيم على 450 مخطوطاً من كتب الشيخ محمّد السماوي المخطوطة وهي اليوم في نمو مطرد، ويشرف عليها موظفون دائميون، ويجد فيها زوارها كل التسهيلات الممكنة للتزود من كتبها.